Ce statut peut permettre une protection d'une cavité si celle-ci est directement concernée, mais aussi des phénomènes karstiques lorsqu'ils sont inclus dans le périmètre d'un classement.
Dans les années 1980 et début des années 1990, la CWEPSS a participé à la rédaction de plusieurs dossiers de classement s'appliquant à des cavités remarquables (et menacées) pour assurer leur pérennité. Ainsi le classement, obtenu en collaboration avec des associations locales, des grottes de Hotton, de Rosée-Lyell, Ramioul, du Nou Maulin (Rochefort) ou d'une partie du Vallon des Chantoirs (Aywaille-Sprimont) ont été des étapes importantes dans la conservation du milieu souterrain en Belgique. Un certain nombre d'autres dossiers de classement ont été initiés par la CWEPSS auprès de la commission des monuments et sites sans qu'ils aient pu aboutir.
Cependant, on constate que dans la grande majorité des arrêtés de classement en zone calcaire, il n'est nulle part fait mention de la nature karstique des terrains et qu'aucun attendu ne porte sur la nécessité d'une gestion particulière liée au sous-sol ou au rejets des eaux usées dans celui-ci.
Le classement n'offre pas de protection spécifique pour le milieu souterrain. L'octroi d'un classement est une procédure lourde longue et difficile qui a de plus pour conséquence de "geler" le terrain auquel il s'applique. Ainsi tous travaux importants nécessitent une autorisation officielle avec arrêté d'application.
Dans le cas des grottes en site classé, cela signifie par exemple que la pose d'une grille (à l'entrée de la cavité) même si elle se justifie pour des raisons de conservation ne sera possible qu'après que la commission ad hoc l'ait autoriséa. Il en va de même pour toute prospection souterraine (qui entraîne fatalement un "déplacement de terre") !
La protection de zones karstiques de grande valeur via l'octroi d'un statut de réserve (domaniale ou agrée) semble dès lors dans bien des cas préférable car sa gestion est plus souple et les associations en charge de ces terrains disposent d'une plus grande autonomie.
Pour la protection de sites souterrains particuliers, la Région Wallonne s'est dotée en 1995 du statut de Cavité Souterraine d'Intérêt Scientifique. Ce statut a le mérite de s'appliquer spécifiquement aux sites souterrains et de prendre en compte les particularités et les vulnérabilités propres à ce milieu.
Liens concernant les sites classés