L'ignorance et la négligence, d'une part, les accidents et la contamination des eaux de pluie, d'autre part, sont causes de diverses pollutions par rejets liquides.
On constate encore trop souvent aujourd'hui l'utilisation, même par des pouvoirs publics, des chantoirs et dolines comme lieux de rejet d'eaux usées en provenance des routes, autoroutes, égouts publics ou privés. Ces eaux chargées en métaux lourds, hydrocarbures, sels et bactéries diverses sont à l'origine de bien des pollutions des eaux souterraines.
Quant à l'agriculture, elle apporte aussi ses nuisances liquides, telles que les écoulements libres de lisiers, les eaux de ruissellement et de percolation chargées d'engrais et de pesticides.
Il s'agit principalement de rejets directs d'eaux usées et d'égouts dans des chantoirs, dans des dépressions karstiques ainsi que dans les ruisseaux en amont des pertes.
Dolines, chantoirs, vallons secs, entrées de grottes et surtout anciennes carrières calcaires sont autant de sites qui servent de dépotoirs sauvages ou sont recherchés pour l'implantation de véritables décharges. C'est la politique du « tout au trou ».
Plusieurs anciennes carrières présentent des pollutions plus ou moins importantes. Ces décharges n'ont subi, sauf exception, aucun aménagement ni réhabilitation, si ce n'est un recouvrement par une couche de terre une fois les versages d'immondices terminés.
Outre la dégradation des paysages et des sites, le lessivage des immondices en terrain karstique peut provoquer la mise en circulation de substances toxiques ou néfastes (sulfates, nitrates, hydrocarbures, chlorures, ...) pénétrant dans les réseaux de fentes et de micro-fissures du calcaire sous-jacent. Par drainage naturel ou artificiel, les polluants gagnent les eaux souterraines et, tôt ou tard, contaminent les résurgences et les captages des massifs calcaires.
Il va sans dire que les pratiques polluantes dénoncées ici s'effectuent la plupart du temps en méconnaissance totale de l'impact sur les eaux souterraines, les sites karstiques et l'écosystème souterrain en général.